È il più grande ritrovamento proveniente dall’antico municipio romano e risale al I-II secolo d.C. Decorava il pavimento di una delle sale del complesso termale pubblico, nello specifico la vasca del frigidarium. Il fondo è a tessere bianche, con una cornice di tessere rosse e nere. Lungo i quattro lati, immersi in una lussureggiante vegetazione, sono rappresentati sei pigmei dai tratti fortemente caricaturali, vittime di esotici animali: ippopotami, coccodrilli, ibis e serpenti. Il quadro centrale rappresenta, invece, la buffa scena di quattro pigmei intenti a pescare in equilibrio su minuscole barche. Alcune teche custodiscono i materiali rinvenuti nello scavo.

Accanto alla sezione archeologica trova spazio la raccolta d’arte della Pinacoteca Civica. Gli affreschi strappati nel 1907 dalla Chiesa della Madonna del Latte, detta anche Santa Maria delle Fontanelle, nei pressi di Collemancio, occupano un’intera sala. L’intera decorazione, rimossa a causa del progressivo deterioramento architettonico della Chiesa, fu realizzata da pittori perugini, umbri e della cerchia di Tiberio d’Assisi. Rilevante è la trecentesca Madonna del Latte. La Pinacoteca custodisce, inoltre, opere di Marcantonio Grecchi, dal linguaggio austero e rigoroso, dell’assisano Dono Doni, di stile eclettico ma efficace nei ritratti dal vero, e di Francesco Longhi.